Vastavalt NLKP Keskkomitee otsusele, NSV Liidu Ministrite Nõukogu määrusele nr. 1114, 14.11.1985.a. ja ENSV Ministrite Nõukogu määrusele nr. 612, 02.12.1985 moodustati Eesti NSV Riiklik Agrotööstuskomitee (ENSV Agrotööstuskomitee).
Asutus loodi samade dokumentide alusel likvideeritud ENSV Agrotööstuskoondise, ENSV Aiandusministeeriume, ENSV Liha- ja Piimatööstuse Ministeeriumi ning ENSV Toiduainetööstuse Ministeeriumi baasil.
Komitee põhimäärus kinnitati ENSV Ministrite Nõukogu määrusega nr. 320, 17.06.1986.a.
ENSV Agrotööstuskomitee tegutses Eesti NSV Ministrite Nõukogu ning NSV Liidu Agrotööstuskomitee juhtimisel. Komiteed juhtis esimees, kes oli ühtlasi Eesti NSV Ministrite Nõukogu esimehe esimene asetäitja. Komitee esimeestena töötasid Heino Veldi ja Gustav Tõnspoeg.
Agrotööstuskomitee kollegiaalseks juhtimisorganiks oli kolleegium, mille koosseisu kinnitas Ministrite Nõukogu. Kolleegiumi otsused vormistati Agrotööstuskomitee määruste ja käskkirjadena. Samuti töötati komitee poolt välja erinevaid juhendeid ja juhiseid.
Seoses Eesti NSV riigivalitsemise keskorganite süsteemi põhjaliku ümberkorraldamisega likvideeriti ENSV Ülemnõukogu Presiidiumi 21.detsembri 1989.a. seadlusega ENSV Agrotööstuskomitee ning taasloodi Eesti NSV Põllumajandusministeerium.